工时计算周期、加班认定标准以及加班费计算基数等方面。以下从法律依据和实务角度进行具体分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第三十九条
规定企业因生产特点可实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经劳动行政部门批准。
《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发〔1994〕503号）第五条
明确综合计算工时制以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，平均日、周工作时间应与法定标准工时基本相同。
《工资支付暂行规定》（劳部发〔1994〕489号）第十三条
区分了标准工时制与综合计算工时制下的加班费计算规则。
二、核心区别
1. 工时计算周期不同
- 标准工时制：以每日和每周为计算单位，每日工作不超过8小时，每周不超过40小时，超出即算加班。
- 综合计算工时制：以周、月、季、年为周期综合计算工时，在一个周期内总工作时间不超过法定标准总工时（如月166.64小时、季500小时、年2000小时），周期内某一具体日/周工作时间可超过标准，不视为加班。
2. 加班认定标准不同
- 标准工时制：
- 工作日延长工作时间：视为延长工作时间加班。
- 休息日工作：视为休息日加班。
- 法定节假日工作：视为法定节假日加班。
- 综合计算工时制：
- 周期内总工时超出法定上限：超出部分视为延长工作时间加班。
- 法定节假日工作：无论周期内总工时是否超标，均视为法定节假日加班。
- 休息日工作：若周期内总工时未超标，不视为加班；若周期结束时总工时超标，休息日工作时间计入延长工作时间加班。
3. 加班费计算比例不同
- 标准工时制：
- 延长工作时间：150% 工资报酬。
- 休息日工作：200% 工资报酬（或安排补休）。
- 法定节假日工作：300% 工资报酬。
- 综合计算工时制：
- 周期内总工时超标部分：150% 工资报酬（按延长工作时间计算）。
- 法定节假日工作：300% 工资报酬（与标准工时制相同）。
- 无休息日加班费概念（因休息日工作已纳入周期综合计算）。
三、示例说明
假设某企业经批准实行以月为周期的综合计算工时制，月法定标准工时为166.64小时：
- 若员工在3月工作180小时（含某个休息日工作8小时），周期总工时超标13.36小时，则：
- 13.36小时按150% 支付加班费。
- 休息日工作的8小时不单独计算200%，已计入总工时。
- 若该员工在清明节（法定节假日）工作8小时，则当日8小时按300% 支付加班费。
四、实务注意事项
审批前提：企业实行综合计算工时制必须经劳动行政部门批准，否则仍需按标准工时制计算加班费。
加班费基数：加班费计算基数可由劳动合同约定，但不得低于当地最低工资标准。
周期内调休：综合计算工时制下，企业可在周期内通过调休平衡工时，避免支付加班费（法定节假日除外）。
健康保障：企业仍需遵守《劳动法》关于劳动者每日连续工作最长时限（一般不超过11小时）及休息保障的规定。
五、总结
综合计算工时制更适用于受季节、资源等条件限制需集中工作的行业（如交通、旅游、建筑等），其加班费计算弱化了休息日的特殊性，强化了周期总工时控制和法定节假日的绝对保护。劳动者需关注自身工时记录，确保周期内总工时不超过法定上限，并重点监督法定节假日加班费的足额支付。
建议在实际操作中，用人单位与劳动者应在劳动合同中明确工时制度及加班费计算方式，并依法履行审批和公示程序，以减少纠纷风险。如有争议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
